La Operación Chavín de Huántar en la que liberó la casa del embajador de Japón de un comando del MRTA sigue dando que hablar. Esta vez un fallo polémico de la mano de la Tercera Sala Penal Liquidadora de la Corte Superior de Lima, por un lado, la sentencia asegura que el «Camarada Tito» (el emerretista Cruz Sánchez) fue ejecutado extrajudicialmente tras ser capturado, por otro lado absolvió a Montesinos, a Hermoza Ríos y Roberto Huamán en tanto que se consideró que no existió un comando paralelo (una defensa constante de los comandos era que si existieron ejecuciones fueron, las mismas, cometidas por agentes que no pertenecían a los heroicos comandos). Se estableció en la resolución judicial que ese ajusticiamiento fue un hecho aislado producido por un militar de gatillo fácil contraviniendo órdenes. Además se determinó que las muertes de Hernán Luz Meléndez Cueva y Víctor Salomón Peceros Pedraza fue en combate, al solo haber un testimonio que indicara que se rindieron, siendo esto no suficiente para probar la ejecución extrajudicial, además de tener múltiples heridas de bala (a diferencia de Tito).