La Comisión de la Verdad y Reconciliación considera que la Operación de Rescate de los rehenes de la embajada japonesa, capturada por un comando del MRTA durante más de cuatro meses (desde el 17 de diciembre de 1996 hasta el 22 de abril de 1997), fue una acción valerosa de las Fuerzas Armadas cuyos integrantes arriesgaron sus vidas y cumplieron con su deber al enfrentar exitosamente una situación compleja para el país. Además de este reconocimiento explícito a las Fuerzas Armadas, la CVR admite también que existen suficientes elementos para presumir razonablemente que durante el operativo de rescate se habrían incurrido en actos en hechos violatorios a los derechos humanos. Por eso resulta imprescindible una investigación, con imparcialidad e independencia, a fin de determinar las responsabilidades del caso. [Tomo VII, capítulo 2, punto 66, «Las ejecuciones extrajudiciales en la residencia del embajador de Japón (1997)» del Informe Final de la Comisión de la Verdad y Reconciliación, PDF, ZIP]
El caso de las ejecuciones extrajudiciales tras la liberación de la residencia del embajador de Japón mediante la operación «Chavín de Huántar» sigue coleando. La historia más o menos todos la conocen, y sino mejor lean el punto enlazado del IFCVR, y también, en esta bitácora, las siguientes entradas: «Operación Chavín de Huántar: comandos responsables» y «Fujimori mandó matar a los emerretistas». El tema vuelve a estar de moda por dos informes periciales encargados por el Ministerio de Defensa que servirán en un proceso contra una serie de personas, entre ellas Montesinos, y para la defensa judicial del Estado ante la CIDH.